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学校办学始于1949年8月创办的庆阳地区农业科学研究所和1978年12月创建的庆阳师范专科学校。2001年，庆阳农业科学研究所和庆阳农业学校整体并入。2003年4月，教育部批准设置多科性本科院校“陇东学院”。2012年，庆阳卫校整体并入。
截至2021年3月，该校占地面积1400余亩，校舍建筑面积55万多平方米。固定资产总值9.7亿元，教学仪器设备总值1.3亿元，馆藏纸质图书173.2万册。现有全日制在校生15946人，教职工1048人。